新型インフルエンザに変異することが懸念されている鳥インフルエンザの症状としては、これまで東南アジアなどでの事例では、発熱、咳など、ヒトの一般的なインフルエンザと同様の症状に加え、60％以上の感染者に下痢が認められました。また、結膜炎、呼吸器症状や多臓器不全に至る重症なものまでさまざまな症状がみられ、死亡の主な原因は肺炎でした。

しかし、ヒトからヒトへ感染する新型インフルエンザウイルスに変異した場合、その症状の程度は、現在のところ予測することが困難です。

なお、平成21年に発生した豚由来の新型インフルエンザ（A／H1N1）の主な症状は、突然の高熱、咳（せき）、のどの痛み、けん怠感に加えて、鼻汁、鼻閉、頭痛等であり季節性インフルエンザと似ています。

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